2014년 9월 1심 재판부인 서울중앙지법은 원 전 원장이 특정 후보자를 당선 혹은 낙선시킬 목적으로 선거운동을 한 것은 아니라고 보면서 공직선거법 위반 혐의는 인정하지 않고 정치에 관여해 국정원법을 위반한 혐의만 인정, 징역 2년6월에 집행유예 4년, 자격정지 3년을 선고했다.

하지만 2심 재판부인 서울고법은 2015년 2월 공직선거법 위반 혐의까지 유죄로 판단하면서 원 전 원장에게 징역 3년의 실형을 선고, 불구속 상태에서 재판을 받던 원 전 원장을 법정 구속했다. 핵심 증거인 '425 지논파일'과 '시큐리티 파일'의 증거능력을 인정한 결과였다.

이후 대법원은 2015년 7월 이 사건을 전원합의체에 회부하고 대법관 전원일치 의견으로 파기환송을 결정했다. 대법원은 핵심 증거인 '425 지논파일'과 '시큐리티 파일'의 증거능력을 인정하지 않으면서 혐의에 대한 유무죄 판단 없이 사건을 다시 판단하라며 서울고법으로 돌려보냈다. 구속 상태였던 원 전 원장은 2015년 10월 보석 허가를 받아 구속 8개월 만에 풀려났다.

다시 법원 파기환송 결정으로부터 2년1개월 후인 지난해 8월 파기환송심은 핵심 증거인 '425 지논파일'과 '시큐리티 파일'의 증거능력을 부정해 대법원의 취지를 따랐다. 그러면서 원 전 원장의 국가정보원법·공직선거법 위반 혐의를 모두 유죄로 판단하며 징역 4년과 자격정지 4년을 선고했다. 보석으로 풀려났던 원 전 원장은 1년10개월만에 또 법정 구속됐다.

이후 재상고심을 맡은 대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 이 사건의 중대성 등을 고려해 지난 2월 사건을 전원합의체에 회부해 선고를 앞두고 있다.

전원합의체는 대법원장과 대법관 12명(법원행정처장 제외) 등 13명이 참여하는 사법부 최고재판부다. 대법관 4명으로 구성된 소부에서 서로 의견이 일치하지 않거나, 종전 대법원에서 판시한 헌법·법률·명령 또는 규칙의 해석 적용에 관한 의견을 변경할 필요가 있을 경우 진행된다.

재상고심을 맡은 대법원은 원심(파기환송심)을 확정하거나 다시 한번 원심을 파기환송하게 된다. 법조계에서는 한번 대법원을 이미 거쳐 파기환송심에서 대법원의 취지대로 핵심 증거 2개를 배제한 상태에서 결론을 내렸으므로 원심을 확정하는 결론을 내릴 가능성이 높은 것으로 예측하고 있다.

한편 원 전 원장 사건에서 대법원과 박근혜정부 청와대가 교감을 나눴다는 의혹도 제기된 바 있다. 앞서 법원 추가조사위원회는 지난 1월 법관사찰 문건에 대한 조사 결과를 발표하면서, 원 전 원장 항소심 재판을 전후해 양승태 대법원장 시절 법원행정처와 청와대가 교감을 나눈 정황이 담긴 문건을 공개했다. 논란이 일자 대법관 전원은 "외부기관이 대법원의 특정사건에 대한 재판에 영향력을 행사하고 대법원이 이에 영향을 받았다는 취지의 보도는 사실이 아니다"고 이례적으로 입장을 표명했다.