서울중앙지검 특수1부(부장검사 신자용)는 지난 5일 오후 5시쯤 미국에서 인천공항으로 입국한 김 전 차장을 허위공문서 작성, 공용서류 손상, 직권남용, 위증 혐의로 체포했다. 체포된 피의자에 대해선 48시간 이내에 구속영장 청구 여부를 결정해야 한다.

검찰 관계자는 "김장수, 김관진 등 상급자인 국가안보실장들이 같은 사안으로 불구속 재판을 받고 있는 점, 자진 입국한 점 등을 종합적으로 고려해 오늘 오후 석방했다"고 설명했다.

검찰은 세월호 참사 당시 김 전 차장이 박근혜 전 대통령(66)에 대한 보고 및 지시 시간을 조작하고, 국가위기관리기본지침을 무단 수정하는 데 개입한 것으로 의심하고 있다. 또한 헌법재판소 탄핵심판에서 위증한 혐의도 있다.

앞서 검찰은 지난 3월 해외도피 중이던 김 전 차장에 대해 인터폴 적색수배 및 여권 무효화 조치를 내렸다. 해외에서 장기간 도피하거나 법적대응을 통한 시간끌기도 우려됐지만 자진해 귀국, 검찰의 석방 결정에 영향을 미친 것으로 보인다. 구속영장을 청구해도 법원이 기각할 가능성도 감안한 것으로 풀이된다.

검찰 조사결과 세월호 사고 당일 박 전 대통령이 처음으로 서면보고를 받은 시간은 세월호가 구조 불가능 상태로 침몰한 오전 10시17분 이후다. 이는 과거 박근혜정부가 사고 당일 오전 10시 최초로 서면보고를 받았다고 밝힌 것과 차이가 있다.

박 전 대통령이 김장수 전 국가안보실장(70)에게 처음 전화 지시를 한 시간, 보고를 받은 횟수 등 발표도 거짓이었던 것으로 드러났다.

검찰은 박근혜정부 청와대는 탑승객 구조 골든타임의 마지막 시간을 설정한 뒤, 그 이전에 대통령 보고와 지시가 있었다는 것을 가장하기 위해 보고시각 등을 조작한 것으로 보고 있다.

또한 검찰은 '국가안보실이 재난상황의 컨트롤타워'라고 규정된 국가위기관리기본지침 3조 등을 볼펜으로 지우고 '안행부가 컨트롤타워'라는 취지를 손글씨로 수정한 사실을 확인했다. 이후 65개 부처와 기관에 공문을 보내 보관 중인 지침을 위 내용대로 삭제·수정·시행하도록 지시한 사실도 파악했다.

불구속 수사를 결정한 만큼 검찰은 김 전 차장에 대한 보강조사를 진행한 후 조만간 재판에 넘길 것으로 보인다.