가상자산거래소 업비트.

벤처기업에서 제외되면서 법인세 248억여원이 추가로 부과된 가상자산거래소 업비트가 세무당국을 상대로 불복소송을 냈다가 패소했다.

28일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정4부(부장판사 김정중)는 업비트의 운영사 두나무가 역삼세무서장을 상대로 제기한 경정거부처분 취소소송에 대해 지난 6월2일 원고 패소로 판결했다.

벤처기업법으로 지정된 확인기관에서 벤처기업확인을 받은 정보통신기업은 조세특례제한법(조특법)상 벤처창업중소기업으로 분류돼 법인세 감면혜택을 받을 수 있다. 두나무는 2017년 9월 한국벤처캐피탈협회로부터 2년짜리 벤처기업확인서를 받았다.

정부는 2018년 10월 벤처기업법 시행령을 개정하면서 업비트를 비롯한 가상자산거래소를 벤처업종에서 제외하고 조특법도 같은 취지로 고쳐 2019년 1월1일 시행했다.

한국벤처캐피탈협회는 벤처기업법 시행령상 근거가 사라지자 2018년 12월20일 두나무를 벤처기업에서 제외했다. 두나무는 집행정지를 신청하고 행정소송도 제기했지만 모두 기각됐다. 두나무는 2018년도 법인세를 이듬해 신고, 납부한 뒤 2020년 8월 벤처기업으로 감면받았어야 할 법인세 248억여원을 환급해달라며 세무서에 경정을 청구했다가 다음해 1월 거부되자 이번 소송을 냈다.

두나무는 재판에서 "법인세 감면 제외 대상인지에 대한 판단은 벤처기업법 시행령이나 한국벤처캐피탈협회의 재량에 따를 것이 아니라 조특법상 감면대상 업종인지를 기준으로 삼아야 하는데 조특법에서 두나무는 감면대상이었다"고 주장했다. 또 "벤처기업 확인은 벤처기업법에 따른 지원 여부에서 의미를 갖는 데 불과하다"며 "조특법은 2019년 1월1일 개정됐기 때문에 2018년 법인세까지는 감면을 받을 수 있다"고 변론했다.

재판부는 "조특법에서 벤처기업확인 인증 보유 여부가 세액감면 요건으로 명시돼 있었기 때문에 벤처기업확인이 취소되면 세무서가 조특법에 따른 법인세 감면을 적용할 수 없다고 봐야 한다"며 "조세감면 혜택을 적용할 여지가 없다"고 판단했다. 또 "벤처기업법에 따르면 벤처기업확인은 사유가 발생할 경우 언제든지 취소될 수 있다"며 "신뢰보호원칙이 위반됐다고 보기도 어렵다"고 밝혔다.

두나무는 지난 6월20일 항소했다. 항소심 재판부는 오는 10월13일 첫 변론을 진행한다.