서울 시내 아파트 단지의 모습. /사진=뉴스1

종합부동산세를 과세하면서 같은 주택이나 토지에 부과된 재산세를 얼마만큼 공제할지를 대통령령으로 정할 수 있도록 한 현행법 체계가 합법이라는 대법원 판단이 나왔다. 종부세를 과세할 때 재산세를 전액 공제하지 않고 일부만 공제해도 이중과세 문제가 없다는 취지의 판결이다.

25일 법조계에 따르면 대법원 1부(주심 김선수 대법관)는 A 회사가 마포세무서장을 상대로 제기한 종부세 부과처분 취소 소송 상고심에서 원심의 원고 승소 판결을 깨고 사건을 서울고법에 돌려보냈다.

종부세는 국세로 개인이나 법인이 소유한 부동산의 합계액을 기준으로, 지방세인 재산세는 소유한 재산에 대해 부과된다. 일정 액수 이상의 부동산을 소유한 경우 종부세와 재산세가 한꺼번에 부과되는데 종부세법은 이중과세 문제를 조정하기 위해 종부세를 부과할 때 주택·토지에 부과된 재산세를 공제하도록 했다. 구체적으로 재산세를 얼마나 공제할지는 대통령령(시행령)으로 정하도록 위임했다.

이전에는 같은 토지·주택에 대해서는 종부세를 부과할 때 재산세를 전부 공제하도록 했지만 2015년 11월 공정시장가액비율을 계산식에 추가해 시행령을 개정하면서 재산세가 일부만 공제되도록 바뀌었다.

A사는 2016년 11월 종부세 23억8000여만원, 농어촌특별세 4억7000여만원을 부과받자 재산세가 전액 공제되지 않아 부당하다며 소송을 냈다. 당시 공제된 재산세액은 8억8000만원이었다.

1·2심 판단은 엇갈렸다. 1심 재판부는 A사의 청구를 기각했지만 2심은 시행령이 이중과세 방지를 위해 재산세를 공제하도록 한 종부세법 취지에 어긋나 효력이 없는 것으로 봐야 한다며 A사의 손을 들어줬다.

대법원은 다시 판결을 뒤집었다. 대법원은 "재산세액 중 일부만 공제하도록 했더라도 옛 종부세법의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다"며 "종부세법의 문언 등을 통해 볼 때 입법자가 재산세액을 얼마나 공제할지 정할 수 있도록 시행령에 위임한 것으로 보는 게 타당하다"고 판단했다. 또 "시행령 개정에 따라 공제액 규모가 줄더라도 위법한 것으로 볼 수도 없다"고 판결했다.

대법원 관계자는 "옛 종부세법이 재산세액 공제와 관련해 시행령에 위임한 범위를 최초로 명시적으로 설시한 것"이라고 밝혔다.