서울행정법원 청사/사진=뉴시스

의사가 아닌 병원경영지원회사(MSO, Management Service Organization)가 의료비를 받고 세금계산서를 발행하는 것은 위법한다는 취지의 법원 판결이 나왔다.

28일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정8부(부장판사 이정희)는 의사 A씨가 강남세무서장을 상대로 "2016~2018년의 3억6412만원대 부가가치세와 1억3688만원대 종합소득세 부과 처분을 취소해달라"며 낸 소송에서 지난 8월27일 원고 패소로 판결했다.

앞서 의사 A씨는 B의원을 운영하며 MSO 2곳과 병원 용역관리 및 결제 대행 계약을 체결했다. 계약에 따라 두 회사는 의료용역 대금을 직접 받고 환자들에게 세금계산서나 현금영수증을 발행했다. 대신 원고에게 병원 관리와 결제 대행 수수료를 제외한 나머지 금액을 지급했다.

세무당국은 2019년 5월~9월까지 원고에 대한 세무조사를 실시했다. 그 결과 두 회사가 원고의 신용카드 위장가맹점에 해당한다고 결론짓고, 2016~2018년의 부가가치세와 종합소득세에 대한 경정·고지 처분을 내렸다. 부가가치세 4억2100만원과 종합소득세 3억381만원에 해당하는 금액이다.

이에 불복한 A씨는 이의신청을 거쳐 조세심판원에서 일부 감액받는 데 성공한다. 조세심판원은 '세금계산서 발급 의무 위반 행위가 있었는지 여부 등을 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라'고 판단했다.

하지만 A씨는 감액된 금액에 대해서도 부당하다 주장하며 소송을 제기했다. A씨는 기획재정부가 2006년 MSO 제도 도입을 권고했던 점 등을 근거로 들었다. 과거 과세 관청이 2016년 원고와 이 사건 회사 중 한 곳과의 세무조사를 했을 때도 기획재정부의 권고 방안을 존중해 세금계산서 수수 행위를 정당하다고 판단했다는 점을 들어 신의성실의 원칙에 위반된다고도 주장했다.

그러나 재판부는 "의료용역을 제공한 주체는 원고이므로 원고가 직접 의료비를 수취하고 세금계산서를 발행해야 한다"고 판단했다. 부가세법 32조는 재화나 용역을 공급하는 사업자는 직접 세금계산서를 발행해야 한다고 규정하고 있다.

재판부는 "각 MSO가 환자들로부터 지급받은 의료용역 대금은 원고가 환자들에게 제공한 의료용역에 대한 대가"라며 "이 사건 각 거래처는 의료행위와 직접적인 관련이 없는 병원경영에 필요한 서비스를 제공하였을 뿐"이라고 밝혔다. 따라서 MSO인 두 회사가 환자들에게 의료용역 대금을 받고 세금계산서를 발행한 것은 사실과 다른 세금계산서 발행에 해당해 위법하다고 봤다.

또 2006년 기획재정부 권고 내용이 MSO가 직접 의료용역 제공이 가능하다거나 MSO를 공급자로 하는 세금계산서 발행이 가능하다는 의미로 볼 수 없다는 점 등을 근거로 피고가 신의성실의 원칙을 위반했다고 볼 수도 없다고 판단했다.

△세무조사 당시 수입금액 일부가 누락된 점 △당시 원고가 이 사건 MSO 중 한 곳에 매출 세금계산서를 발급하지 않았던 점 △과세 관청이 당시 원고와 이 사건 MSO 중 한 곳 사이에 이루어진 세금계산서 수수 행위를 정당하다고 판단했다고 볼 만한 사정을 찾아볼 수 없는 점 등도 참작됐다.